Jerzy Rutkowski urodził się 1 maja 1936 r. w Radomsku. W 1953 r. ukończył liceum ogólnokształcące i otrzymał maturę z wyróżnieniem. W 1960 r. obronił pracę magisterską na kierunku fizyka Uniwersytetu Łódzkiego, a w 1973 r., również na Uniwersytecie Łódzkim, obronił doktorat z fizyki pt. Promieniowanie przejścia powstające przy padaniu nierelatywistycznych cząstek na tarcze metalowe. Jednym z recenzentów Jego doktoratu był laureat Nagrody Nobla prof. Ilja Michajłowicz Frank.
Od 1958 r. miejscem pracy dr. Rutkowskiego był Uniwersytet Łódzki, gdzie kolejno był zatrudniony jako: prowadzący ćwiczenia (1958), asystent (1962), starszy asystent (1962), adiunkt (1973) i starszy wykładowca (1990). W 1977 r. przerwał pracę na dwa lata w związku ze swoim stanem zdrowia.
Jego zainteresowania badawcze dotyczyły oddziaływania światła i cząstek z materią, zagadnień własności powierzchni ciała stałego, w szczególności powierzchniowych przejść fazowych, magnetyzmu powierzchniowego oraz topnienia powierzchniowego.
W trakcie pracy badawczej odbywał staże naukowe, m.in. w Zjednoczonym Instytucie Badań Jądrowych w Dubnej (ZSRR), w uniwersytetach w Szeged (Węgry), Koszycach (Czechosłowacja), Lyonie (Francja) oraz w Politechnice w Meksyku (Meksyk). W tym czasie uczestniczył w realizacji kilku grantów naukowych. Efektem działalności naukowej dr. Rutkowskiego było ponad 80 artykułów i komunikatów konferencyjnych oraz dwa patenty. Razem z prof. Leszkiem Wojtczakiem przetłumaczył z języka francuskiego podręcznik uniwersytecki do fizyki kwantowej Edgara Elbaza pt. Quantique.
Pracując na Uniwersytecie Łódzkim, prowadził zajęcia dydaktyczne na takich kierunkach, jak: biologia, chemia, fizyka, geografia i matematyka. Obejmowały one wykłady, laboratoria, ćwiczenia audytoryjne i seminaria. Pod kierunkiem dr. Rutkowskiego obroniono ponad 30 prac magisterskich.
Równolegle z pracą naukowo-dydaktyczną uczestniczył w działalności organizacyjnej na terenie Uniwersytetu Łódzkiego, pełniąc m.in. funkcje: członka Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej dla Studentów, pełnomocnika Rektora ds. Współpracy z Uniwersytetem Karola w Pradze, członka Rady Wydziału Fizyki i Chemii, pełniącego obowiązki pomocnika kierownika Katedry Fizyki Ciała Stałego ds. administracyjnych (przez rok p.o. kierownika katedry), kierownika II pracowni fizycznej. Za swoją działalność w Uniwersytecie Łódzkim otrzymał kilka Nagród Rektora UŁ. Został również uhonorowany odznaczeniami państwowymi.
Dzięki swojej rozległej działalności naukowej powierzono mu funkcję sekretarza serii „Recherches sur les Déformations”, wydawanej przez Łódzkie Towarzystwo Naukowe. W 2001 r. Walny Zjazd Polskiego Towarzystwa Fizycznego powierzył mu funkcję członka Komisji Rewizyjnej Towarzystwa.
Kajakarstwo, wycieczki górskie i filatelistyka poświęcona fizyce stanowiły hobby dr. Rutkowskiego. Był jednym ze współorganizatorów Sekcji Turystyki Pieszej Uniwersytetu Łódzkiego. Jego strona sieciowa poświęcona filatelistyce była cytowana w kilku czasopismach fizycznych o randze światowej.