Z ogromną radością informujemy o pomyślnym zakończeniu wyjątkowych, trzydniowych warsztatów szkoleniowych pt. „Barcoding with ONTOLOGY: a barcoding lab start”, które odbyły się na Wydziale Biologii Uniwersytetu Szczecińskiego.
Szkolenie, które poprowadził koordynator krajowy inicjatywy PolBOL, dr hab. Tomasz Mamos, prof. UŁ, miało na celu praktyczne wdrożenie nowoczesnych metod sekwencjonowania nanoporowego (ONT) w codziennej pracy badawczej biologów zajmujących się różnorodnością biologiczną.
Od pipety do analizy bioinformatycznej
Kameralna, 5-osobowa grupa uczestników przeszła pełną, intensywną ścieżkę laboratoryjną:
- Lab Start i sterylność: Uczestnicy poznali kluczowe zasady czystości i bezpieczeństwa w laboratorium molekularnym, niezbędne przy pracy z czułymi technologiami high-throughput.
- Hardware w praktyce: Warsztaty objęły mistrzowskie opanowanie codziennego sprzętu – od kalibracji pipet, przez vortexy i wirówki, aż po precyzyjną fluorometryczną kwantyfikację DNA systemem Qubit.
- Sekwencjonowanie ONT: Głównym punktem programu było samodzielne przygotowanie bibliotek oraz uruchomienie i monitorowanie procesu sekwencjonowania na przenośnym urządzeniu MinION Mk1D.
- Analiza danych: Szkolenie zamknęło wprowadzenie do wstępnej analizy bioinformatycznej oraz pracy z platformą ONTOLOGY zintegrowaną z bazą danych BOLD.
Innowacje i perspektywy na przyszłość
Uczestnicy warsztatów – biolodzy, którzy nie posiadali wcześniej głębokiego doświadczenia w zaawansowanych procedurach molekularnych – niezwykle entuzjastycznie ocenili intuicyjność i możliwości systemu ONTOLOGY.
Wnioski z dyskusji pozycjonują PolBOL jako kluczowy hub technologiczny w kraju. Część badaczy planuje samodzielne wdrożenie pełnego protokołu w swoich laboratoriach, natomiast dla pozostałych optymalnym rozwiązaniem na przyszłość będzie model hybrydowy. Narodził się z tego świetny plan: regularne konsolidowanie złączy (pooli) próbek z różnych ośrodków w Polsce i wspólne sekwencjonowanie ich na jednej komórce przepływowej (flow cell) MinION w laboratorium prof. Mamosa.
Międzynarodowa współpraca i finansowanie
Wydarzenie to doskonały przykład synergii nauki polskiej i międzynarodowej. System ONTOLOGY rozwijany jest we współpracy z zespołem prof. Kena Thompsona (University of Guelph, Kanada), a same warsztaty stanowią część integracji w ramach europejskiej sieci doskonałości.
Wydarzenie zostało zrealizowane w ramach projektu Biodiversity Genomics Europe Plus (BGE+) finansowanego z programu ramowego Unii Europejskiej „Horyzont Europa” oraz współfinansowane przez Ministra Nauki w ramach programu „Regionalna Inicjatywa Doskonałości” na lata 2024–2027 (RID/SP/0045/2024/01) dla Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego.
Serdecznie dziękujemy Wydziałowi Biologii Uniwersytetu Szczecińskiego za gościnę, a uczestnikom za wspaniałą atmosferę i motywację do pracy! Kolejne kroki to zaplanowane już spotkanie online, podczas którego przetestujemy najnowszy, dedykowany systemowi Windows build oprogramowania ONTOLOGY.
Instytucja odpowiedzialna
Współfinansowane przez Ministra Nauki w ramach Programu „Regionalna Inicjatywa Doskonałości” na lata 2024–2027 (RID/SP/0045/2024/01).
