STUDIA

biochemia

Rok ukończenia:

2003

STOPNIE I TYTUŁY

Habilitacja

Dziedzina:

nauk biologicznych

Dyscyplina:

biochemia

Specjalności:

bioinformatyka, bioinformatyka

Data uzyskania stopnia:

26/09/2017

Tytuł pracy:

Zastosowanie metod bioinformatyki i chemii obliczeniowej w badaniu ewolucji i procesów biochemicznych proteaz serynowych krzepnięcia krwi i fibrynolizy

Instytucja:

Uniwersytet Łódzki; Wydział Biologii i Ochrony Środowiska

Doktorat

Dziedzina:

nauk biologicznych

Dyscyplina:

biochemia

Specjalność:

biochemia krzepnięcia krwi

Data uzyskania stopnia:

23/10/2007

Tytuł pracy:

Zmiany aktywności koagulacyjnej fibrynogenu wywołane reaktywnymi formami azotu i tlenu

Instytucja:

Uniwersytet Łódzki; Wydział Biologii i Ochrony Środowiska

https://nauka-polska.pl/#/profile/scientist?id=208...

26 SEP 2017 Assistant professor with habilitation at the University of Lodz, Department of General Biochemistry. habilitation thesis "Application of bioinformatics and computational chemistry in the study of evolution and biochemical processes of serine proteases of blood coagulation and fibrinolysis".

1 OCT 2008 Assistant professor at the University of Lodz, Department of General Biochemistry.

11 APR - 11 JUL 2008 EMBO Short-Term Fellowship (ASTF 83.00-2008) at the University of California, San Diego.

1 DEC 2007 Research associate at the University of Lodz, Department of General Biochemistry.

23 OCT 2007 PH.D degree in biochemistry - doctorate thesis: "Changes of fibrinogen coagulation properties induced by reactive nitrogen and oxygen species" .

https://orcid.org/0000-0002-0839-8004

Wielkie pytanie o życie, wszechświat i całą resztę?

Zainteresowania naukowe:

Biologia strukturalna białek hemostazy - CryoEM, a przede wszystkim układu kontaktu i kininogenezy z użyciem techniki mikroskopii krioelektronowe –poznawanie struktury kininogenów. Ewolucja molekularna, filogenetyka, modelowanie molekularne, dokowanie, dynamika i bioinformatyka w dziedzinie biochemii białek hemostazy i projektowania leków, ze szczególnym uwzględnieniem znaczenia proteaz kontaktu (FXI, FXII, PK) w chorobach zakrzepowych. Symulacje wiązania ligandów z białkami - dokowanie molekularne. Przewidywanie strukturalne, modelowanie, dynamika molekularna i inne analizy białek. Przewidywanie prawdopodobieństwa wystąpienia leków. Molekularne mechanizmy zmian wywołanych stresem oksydacyjnym w białkach układu krzepnięcia krwi.

Ultimate Question of Life, the Universe, and Everything

Scientific research interests:

Structural biology of proteins of hemostatic proteins CryoEM, and above all the contact system and kininogenesis system using the technique of cryogenic transmission electron microscopy (CryoEM) - studying the structure of kininogens. Docking ligands in the search for new drugs and learning about protein functions. Molecular evolution, phylogenetics, molecular modelling, docking, dynamics and bioinformatics in the field of biochemistry of proteins of hemostasis and drug design, with particular emphasis on the importance of contact proteases (FXI, FXII, PK) in thrombotic diseases. Simulations of ligand binding to proteins - molecular docking. Structural prediction, modelling, molecular dynamics and other analyses of proteins. Drug likeliness prediction. Molecular mechanisms of modifications caused by oxidative stress in proteins of blood coagulation system.

Najnowsze publikacje:

High Molecular Weight Kininogen: A Review of the Structural Literature by Michał B. Ponczek. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22(24), 13370; https://doi.org/10.3390/ijms222413370
Otrzymano: 29 pażdziernik 2021 / Zrecenzowano: 2 grudzień 2021 / Zaakceptowano: 11 grudzień 2021 / Opublikowano: 13 grudzień 2021
https://www.mdpi.com/1422-0067/22/24/13370?fbclid=...

Finding inhibitors for PCSK9 using computational methods. Rida Zainab,Afshan Kaleem ,Michał B. Ponczek ,Roheena Abdullah,Mehwish Iqtedar,Daniel C. Hoessli. Opublikowane: 5 sierpnień, 2021 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0255523
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.13...

Naukowe wizyty zagraniczne

• Visiting Scholar, <time>Czerwiec 2019</time> - lipiec<time> 2019, </time>Department of Pathology, Microbiology and Immunology, Nashville, USA

• Postdoctoral Fellow, EMBO Short-Term Fellowship ASTF 83.00-2008, <time style="background-">kwiecień 2008</time> - <time style="background-">czerwiec 2008, </time>Department of Chemistry and Biochemistry, San Diego, USA