PROFIL PRACOWNIKA: Sebastian Sakowski

Adiunkt na Wydziale Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Łódzkiego i lider zespołu Modelowania Matematycznego i Metod Obliczeniowych w Centrum Analiz, Modelowania i Nauk Obliczeniowych Uniwersytetu Łódzkiego. Stopień doktora informatyki uzyskał w Instytucie Informatyki Politechniki Śląskiej. Prowadzi badania naukowe i wykłady w zakresie informatyki, a także analizy danych. Współautor publikacji dotyczących informatyki teoretycznej i stosowanej. Jego prace ukazały się w czasopismach międzynarodowych m.in. w Applied Sciences, Theoretical Computer Science, Fundamenta Informaticae. Członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego.

Zainteresowania badawcze: informatyka, analiza danych.

Zainteresowania naukowe realizuję wspólnie z naukowcami z następujących jednostek badawczych:

1. Linköping University, Department of Computer and Information Science.
2. Harvard University, Institute of Quantitative Social Sciences.
3. Uppsala University, Department of Mathematics.
4. European Commission, Joint Research Centre.
5. Uniwersytet Opolski, Instytut Informatyki.
6. Polska Akademia Nauk, Instytut Biologii Medycznej

Uczestniczyłem w różnych projektach naukowych i dydaktycznych:

1. Projekt obejmujący badania podstawowe i finansowany przez Narodowe Centrum Nauki. Tytuł: Badania podstawowe nad nową koncepcją zastosowania obliczeń DNA. Grant numer: 2023/07/X/ST6/00078.
2. Projekt obejmujący badania podstawowe i finansowany przez Narodowe Centrum Nauki. Tytuł: Opracowanie wielostanowego komputera DNA poprzez zastosowanie wielu enzymów restrykcyjnych. Grant numer: DEC-2011/01/B/NZ2/03022.
3. Projekt McKinsey Polska pt. Data Science in Practice. Głównym celem projektu było rozwiązanie praktycznego problemu postawionego przez partnera biznesowego, którym w piątej edycji projektu był mBank S.A.
4. Projekt Narodowego Centrum Badań i Rozwoju pt. STUDENTS' POWER - kompleksowy program rozwoju uczelni.
5. Projekt pt. SCOUTING – aktywny system monitoringu i oceny potencjału rynkowego prac badawczych kluczem do współpracy nauki i przedsiębiorców, projekt realizowany w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki jako tzw. „projekt innowacyjny testujący”, Działanie 8.2.1.

Publikacje:

1. M. Majchrzak, S. Sakowski, J. Waldmajer, P. Parniewski: New Genetic Markers Differentiating IPEC and ExPEC Pathotypes—A New Approach to Genome-Wide Analysis Using a New Bioinformatics Tool. International Journal of Molecular Sciences. 24(5):4681, 2023. https://doi.org/10.3390/ijms24054681 (IF: 6.208)
2. H.C. Kiang, K. Bartoszek, S. Sakowski, S.M. Iacus, M. Vespe: Summarizing Global SARS-CoV-2 Geographical Spread by Phylogenetic Multitype Branching Models. Lecture Notes in Computer Science, Springer, Cham, vol 13483, 170–184, 2022. DOI: 10.1007/978-3-031-20837-9_14
3. S. Sakowski, J. Waldmajer, I. Majsterek, T. Popławski: DNA Computing: Concepts for Medical Applications. Applied Sciences, 2022, 12, 6928. DOI: 10.3390/app12146928 (IF: 2.838 )
4. D. Tahir, I. Kaj, K. Bartoszek, M. Majchrzak, P. Parniewski, S. Sakowski: Using multitype branching models to analyze bacterial pathogenicity. Mathematica Applicanda, 48 (1), 59-86, 2020. DOI: 10.14708/ma.v48i1.6465
5. J. Waldmajer, Z. Bonikowski, S. Sakowski: Theory of tailor automata. Theoretical Computer Science, 785, 60-82, 2019. DOI: 10.1016/j.tcs.2019.02.002 (IF: 0.772)
6. J. Waldmajer, S. Sakowski: A solution to the problem of the maximal number of symbols for biomolecular computer. Informatica, 43, 485–494, 2019. DOI: 10.31449/inf.v43i4.2725
7. K. Bartoszek, M. Majchrzak, S. Sakowski, A. B. Kubiak-Szeligowska, I. Kaj, P. Parniewski: Predicting pathogenicity behavior in Escherichia coli population through a state dependent model and TRS profiling. PLoS computational biology , 14(1), 2018, e1005931. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005931 (IF: 3.955)
8. S. Sakowski, T. Krasiński, J. Sarnik, J. Blasiak, J. Waldmajer, T. Poplawski: A detailed experimental study of a DNA computer with two endonucleases. Zeitschrift für Naturforschung C, 72(7-8), 303-313, 2017. DOI: 10.1515/znc-2016-0137 (IF: 0.835).
9. S. Sakowski, T. Krasiński, J. Waldmajer, J. Sarnik, J. Blasiak, T. Poplawski: Biomolecular computers with multiple restriction enzymes. Genetics and Molecular Biology, 40(4), 860-870, 2017. DOI: 10.1590/1678-4685-gmb-2016-0132(IF: 1.341)
10. T. Krasiński, S. Sakowski, J. Waldmajer, T. Popławski: Arithmetical analysis of biomolecular finite automaton. Fundamenta Informaticae, 128(4), 463-474, 2013. DOI: 10.3233/FI-2013-953(IF: 0.687)
11. T. Krasiński, S. Sakowski, T. Popławski: Towards an autonomous multistate biomolecular devices built on DNA. Nature and Biologically Inspired Computing, IEEE, 23-28, 2014. DOI: 10.1109/NaBIC.2014.6921899
12. J. Błasiak, T. Krasiński, Ł. Rogowski, S. Sakowski, T. Popławski: Wnioskowanie logiczne przy użyciu DNA. Postępy Biologii Komórki, 40(4), 645-658, 2013. (IF: 0.203)
13. T. Krasiński, S. Sakowski, T. Popławski: Autonomous push-down automaton built on DNA. Informatica, 36(3), 263-276, 2012.
14. J. Błasiak, T. Krasiński, T. Popławski, S. Sakowski: DNA Computing. Postępy Biochemii, 57(1), 13-23, 2011.
15. T. Krasiński, S. Sakowski: Extended Shapiro Finite State Automaton. Foundations of Computing and Decision Science, 33(3), 241-255, 2008.
16. T. Krasiński, S. Sakowski: A review of models and practical implementations of DNA computation. Studia Informatica, 29(4A), 5-31, 2008.
17. T. Krasiński, S. Sakowski: A theoretical model of the Shapiro finite state automaton built on DNA. Theoretical and Applied Informatics, 18 (3), 161-174, 2006.

Komunikaty na konferencjach międzynarodowych::

1. J. Waldmajer, Z. Bonikowski, S. Sakowski: Conditions for the existence of a non-trivial tailor automaton. The Third International Conference On the Trail of Women in Mathematics - Contemporary Women in Mathematics. Gdańsk, 15–17 September 2022.
2. K. Bartoszek, H. Kiang, S. Sakowski, S. Iacus, M. Vespe: SARS–CoV–2 geographical spread through multitype branching models. 17th edition of the Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 2021.
3. S. Sakowski, T. Krasiński, J. Sarnik, J. Blasiak, J. Waldmajer, T. Poplawski: Autonomous biomolecular automata with multiple restriction enzymes. The 22nd International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, DNA 22, Munich, Germany, Date: September 4-8, 2016.
4. T. Krasiński, S. Sakowski, T. Popławski: Towards an autonomous multistate biomolecular devices built on DNA. The Sixth World Congress on Nature and Biologically Inspired Computing, NaBIC, IEEE, Porto, Portugal, Date: July 30-01 August, 2014.

Komunikaty na konferencjach krajowych:

1. S. Sakowski, J. Waldmajer, I. Majsterek, T. Popławski: Biochips based on biomolecular computers. The XXVII National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine. Wisła, September 06–10, 2022.
2. J. Waldmajer, S. Sakowski: A solution to the problem of the maximal number of symbols for biomolecular computer. The XXV National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine. Jadwisin, September 16–20, 2019.
3. J. Waldmajer, Z. Bonikowski, S. Sakowski: Theory of tailor automata. The XXIV National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine. Zakopane-Kościelisko, Poland, September 3–7, 2018.
4. K. Bartoszek, M. Majchrzak, S. Sakowski, A. B. Kubiak-Szeligowska, I. Kaj, P. Parniewski: Predicting pathogenicity behavior in Escherichia coli population through a state dependent model and TRS profiling. The XXIV National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine. Zakopane-Kościelisko, Poland, September 3–7, 2018.
5. S. Sakowski, T. Krasinski, J. Sarnik, J. Błasiak, J. Waldmajer, T. Popławski: A detailed study of a DNA computer with multiple endonucleases. The XXIII National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Jugowice, Poland, September 11–15, 2017.
6. T. Krasiński, S. Sakowski, J. Sarnik, J. Waldmajer, J. Blasiak, T. Popławski: More powerful biomolecular computer with many restriction enzymes. The XXI National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Regietów, Poland, September 22–26, 2015.
7. J. Sarnik, S. Sakowski, J.Błasiak, T. Krasiński, T. Popławski: Construction of biomolecular computer with DNA and restrictions enzymes. Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa, 101, September 9-12, 2014.
8. J. Błasiak, T. Krasiński, T. Rogowski, S. Sakowski, T. Popławski: Logical inference based on DNA. The XX National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Łochów, Poland, September 23–27, 2014.
9. T. Krasiński, S. Sakowski, J. Waldmajer, T. Popławski: Arithmetical analysis of biomolecular finite automaton.The XIX National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Jastrzębia Góra, Poland, September 16–20, 2013.
10. T. Krasinsk, S. Sakowski, T. Popławski: Autonomous push-down automaton built on DNA. The XVIII National Conference Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Krynica Morska, Poland, September 23–27, 2012.