10 października, 2019 r.

BioNinja Challenge 2019 na UŁ

BioNinja Challenge 2019 na UŁ

fot. M. Andrzejewski, CP UŁ

Na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska UŁ zorganizowano kolejne już ogólnopolskie zawody pod nazwą BioNinja Challenge – Hackathon Bioinformatyczny. Imprezy tego typu polegają na opracowaniu rozwiązania IT określonego problemu przez ochotników, którzy na co dzień nie zajmują się tym zagadnieniem. BioNinja Challenge różni się tym od zwykłych Hackathonów, iż aby wygrać nie wystarcza tu jedynie wiedza informatyczna, potrzebna jest również szeroka wiedza z biologii i genetyki.


Programowanie leczenia


Przed uczestnikami postawione zostały następujące zadania:


1. Poszukiwanie peptydów o właściwościach bakteriobójczych jako alternatywa dla antybiotyków, na które niestety coraz więcej bakterii zyskuje odporność.


2. Narzędzie informatyczne, ułatwiające pracę naukowcom, polegające na optymalizowaniu doboru indeksów przy wykonywaniu Sekwencjonowania Nowej Generacji. Indeksy są to krótkie cząsteczki DNA o znanej sekwencji. Dołączamy je do każdej z badanych próbek, aby w późniejszym czasie móc zidentyfikować należący do niej materiał genetyczny.


3. Analizy GWAS - bazując na danych genetycznych i fenotypowych należało wytworzyć model predykcyjny, pozwalający na szacowanie ryzyka wystąpienia otyłości u badanej osoby.


Z zadaniami zmierzyło się około 30 osób z całej Polski oraz goście z Ukrainy. Aby wygrać, należało rozwiązać jedno z nich. Na rozwiązanie problemu uczestnicy mieli 24 godziny. Na koniec musieli zaprezentować stworzone przez siebie rozwiązanie przed pozostałymi uczestnikami i jury.


Pierwsze miejsce zajęła drużyna „Grumpy Hackers”, drugie grupa „Slavic”. Oba zespoły zbudowały i nauczyły modele sztucznej inteligencji szukać peptydów o właściwościach bakteriobójczych. Trzecie miejsce zajęli studenci Politechniki Wrocławskiej tworzący drużynę „Kömpilator” rozwiązując problem optymalnego doboru indeksów na potrzeby sekwencjonowania nowej generacji. W trakcie trwania imprezy udało im się wykonać i zaprezentować w pełni funkcjonalne aplikacje.


Przede wszystkim współpraca


Sprawna współpraca informatyków z biologami i genetykami to jeden z najważniejszych elementów imprezy. BioNinja Challenge ma przełamywać stereotypy i udowadniać, że istnieje szansa na porozumienie między nimi. Praca grupy ludzi z różnych domen może przyśpieszyć proces i udowodnić, iż na styku z pozoru odrębnych dziedzin nauki, powstają naprawdę niezwykłe pomysły czy rozwiązania, a zawiązane w trakcie imprezy przyjaźnie mogą zaprocentować w przyszłości udanymi projektami naukowymi.


- Tegoroczna edycja stała na bardzo wysokim poziomie a zaproponowane zadania przysporzyły sporo problemów uczestnikom. Poradzili sobie jednak świetnie z wyzwaniami tworząc rozwiązania, które znajdą praktyczne zastosowanie w nauce – mówią organizatorzy imprezy.


Wszystkie opracowane rozwiązania zostały opublikowane w publicznym repozytorium na otwartej licencji, dzięki czemu każda osoba na świecie będzie mogła z nich skorzystać.


Impreza jest organizowana przez Pracownię Biobank Uniwersytetu Łódzkiego po raz drugi. W tej edycji odbyła się ona pod patronatem honorowym Pani Hanny Zdanowskiej - Prezydent Miasta Łodzi; Pana Jarosława Gowina - Wiceprezesa Rady Ministrów, Ministra Nauki i Szkolnicta Wyższego oraz Ministerstwa Cyfryzacji. W tym roku BioNinja Challenge włączony został w poczet imprez tworzących CodeWeekEU oraz Festiwal Cyfryzacji.




Uniwersytet Łódzki to największa uczelnia badawcza w centralnej Polsce. Jej misją jest kształcenie wysokiej klasy naukowców i specjalistów w wielu dziedzinach humanistyki, nauk społecznych i ścisłych. UŁ współpracuje z biznesem, zarówno na poziomie kadrowym, zapewniając wykwalifikowanych pracowników, jak i naukowym, oferując swoje know-how przedsiębiorstwom z różnych gałęzi gospodarki. Uniwersytet Łódzki jest uczelnią otwartą na świat – wciąż rośnie liczba uczących się tutaj studentów z zagranicy, a polscy studenci, dzięki programom wymiany, poznają Europę, Azję, wyjeżdżają za Ocean. Uniwersytet jest częścią Łodzi, działa wspólnie z łodzianami i dla łodzian, angażując się w wiele projektów społeczno-kulturalnych.



Zobacz nasze projekty naukowe na https://www.facebook.com/groups/dobranauka/


Materiał źródłowy: Biobank UŁ


Redakcja: Centrum Promocji UŁ

Poprzednia wiadomość UŁ z nowym Centrum – praktycznie o cyfrowej przyszłości
Następna wiadomość O. Tokarczuk - Nobel lokalny, Nobel europejski