Janusz Markowski urodził się w 1947 r. w Łodzi. Tam ukończył szkołę podstawową, tam też uczęszczał do V Liceum Ogólnokształcącego im. Władysława Stanisława Reymonta. W 1965 r., po uzyskaniu świadectwa dojrzałości, kierując się swoimi zainteresowaniami, rozpoczął studia na kierunku biologia na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Łódzkiego. Pracę magisterską pt. Materiały do poznania biologii rozrodu sikory bogatki Parus major wykonał w Zakładzie Zoologii Ogólnej pod kierunkiem prof. dr. hab. Franciszka Wojtasa. Bezpośrednio po ukończeniu studiów został zatrudniony w Zakładzie Zoologii Ogólnej na stanowisku asystenta. W 1974 r. przeniósł się do Zakładu Anatomii Porównawczej i Ekologii Zwierząt, z którym wiązała się jego dalsza kariera zawodowa i naukowa. Rozprawę doktorską pt. Zmienność metryczna i niemetryczna populacji nornika północnego, Microtus oeconomus (Pallas, 1776), w cyklu wieloletnim, napisaną pod kierunkiem prof. dr. hab. Zdzisława Pucka, obronił w 1978 r. i uzyskał stopień doktora nauk przyrodniczych. Stopień doktora habilitowanego nauk biologicznych w zakresie zoologii uzyskał w 1992 r. na podstawie pracy zatytułowanej Cechy niemetryczne w badaniach populacyjnych ssaków. W 1999 r. utworzył i objął kierownictwem Zakład Dydaktyki Biologii i Badania Różnorodności Biologicznej. W tym samym roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego nauk biologicznych i został awansowany na stanowisko profesora zwyczajnego.
Profesor Markowski odbył szereg staży naukowych krajowych i zagranicznych (m.in. w Institute of Arctic Biology University of Fairbanks, USA; Institute of Biology University of Oslo, Norwegia; Zoological Museum of Moscow State University, Rosja) oraz licznych krótkoterminowych wyjazdów, które ukształtowały jego zainteresowania, warsztat badawczy i naukowe kontakty. Zainteresowania badawcze Profesora koncentrowały się na ochronie bioróżnorodności, ekologii populacyjnej, genetyce populacyjnej ptaków i ssaków. Był inicjatorem badań ornitologicznych i teriologicznych na macierzystym wydziale. Od 1988 r. kierował kilkuosobowym zespołem badawczym w Katedrze Ekologii i Zoologii Kręgowców, a od 1999 r. w Zakładzie Dydaktyki Biologii i Badania Różnorodności Biologicznej. W 2000 r. nawiązał współpracę z prof. Pawłem P. Liberskim z Zakładu Patologii Molekularnej i Neuropatologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi oraz z prof. Richardem Yanagiharą z Pacific Center for Emerging Infectious Diseases Research, University of Hawaii – Manoa, USA, w zakresie badań nad rolą drobnych gryzoni i owadożernych jako rezerwuarów wirusów Hanta odpowiedzialnych za gorączki krwotoczne z zespołem nerkowym i płucnym. Wynikiem współpracy były publikacje, w których opisano nowe serotypy wirusa Hanta Lodz-1 i Lodz-2 u nornika zwyczajnego, Boginia Virus u rzęsorka rzeczka i Virus Nova u kreta. Ponadto stwierdzono możliwość transmisji wirusów między gatunkami ryjówkowatych w obrębie tego samego środowiska i możliwość zakażenia (inokulacji) hodowlanej linii komórek ludzkich przez wirusa izolowanego z tkanek kreta.
Dorobek naukowy prof. Markowskiego liczy dwieście trzynaście pozycji, z czego sześćdziesiąt dwie stanowią prace badawcze, w tym trzydzieści opublikowanych w czasopismach z listy Journal Citation Reports (JCR), trzydzieści pięć rozdziałów w monografiach, dwadzieścia sześć dokumentacji do planów ochrony obszarów chronionych, trzy dokumentacje rezerwatów i obszarów chronionych oraz współautorstwo pięciu książek.
Profesor Markowski od momentu rozpoczęcia pracy zawodowej włączył się w działania związane z organizacją nauki i dydaktyki na uczelni. W latach 1970–1984 pełnił funkcję opiekuna naukowego Sekcji Ornitologicznej Studenckiego Koła Naukowego Biologów (SKNB), a w latach 1984–2012 był opiekunem naukowym SKNB. Uczestniczył wielokrotnie w pracach Wydziałowej Komisji Rekrutacyjnej dla wyboru kandydatów na I rok studiów, jako sekretarz, egzaminator i przewodniczący. W latach 1993–2004 był opiekunem Stacji Terenowej w Bromierzyku (Kampinoski Park Narodowy).
Od 1993 do 2002 r. pełnił funkcję prodziekana ds. kierunku Ochrona Środowiska na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi UŁ i sekretarza naukowego Studium Doktoranckiego Ekologii i Ochrony Środowiska, z której ustąpił w roku 2014 r. W latach 2014–2016 sprawował funkcję kierownika tych studiów. Uczestniczył w pracach Uczelnianej Komisji Dydaktycznej, Uczelnianej Komisji Rekrutacyjnej, Uczelnianej Komisji Akredytacyjnej (1993–2002), był członkiem Uczelnianej Komisji Bioetyki (1993–2012) oraz członkiem Uczelnianej Komisji ds. Studiów Doktoranckich (2008–2016).
Profesor aktywnie uczestniczył także w pracach towarzystw naukowych: Polskiego Towarzystwa Zoologicznego (PTZool), Łódzkiego Towarzystwa Naukowego (ŁTN) i German Society of Mammalogy. W latach 1973–1981 był sekretarzem Oddziału Łódzkiego PTZool, a w latach 1984–2000 jego przewodniczącym. Od 1987 do 2000 r. przewodniczył Sekcji Teriologicznej PTZool i był członkiem Komitetu Dehnel-Petrusewicz Memorial Fund. W latach 2005–2009 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego PTZool. Od 1993 r. jest członkiem Łódzkiego Towarzystwa Naukowego. Sprawował funkcję przewodniczącego Komisji Biologicznej na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym, sekretarza i przewodniczącego Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Od 2000 r. jest członkiem German Society of Mammalogy.
Profesor Markowski był organizatorem wielu konferencji i zjazdów, zarówno krajowych, jak i międzynarodowych, w tym Zjazdu Sekcji Ornitologicznej PTZool (1990 r.), V Zjazdu Sekcji Teriologicznej PTZool i XVI Zjazdu PTZool w Łodzi (1995 r.), Ogólnopolskiej Konferencji „Drobne ssaki” (1994 r.), konferencji „Gatunkowa i obszarowa ochrona Polski środkowej” (1994 r.), ogólnopolskiej konferencji „Genetyka populacyjna: stan i perspektywy badań w Polsce” (2000 r.) oraz międzynarodowych sympozjów „Ecological genetics in mammals” w Łodzi (1992, 1994 r.). W 2007 r. współorganizował 81st Annual Meeting of German Mamalian Society and 1st Polish-German Theriological Meeting w Łodzi.
Profesor uczestniczył aktywnie w pracach komitetów naukowych PAN, w tym Komitetu Ochrony Przyrody (1993–1998) oraz Komitetu Zoologii, którego był wiceprzewodniczącym (2008–2012) i przewodniczącym (2012–2016). W latach 2016–2019 był również wiceprzewodniczącym Komitetu Biologii Organizmalnej PAN. Zasiadał w Radzie Naukowej Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN w Krakowie (1993–1998). Przez wiele lat uczestniczył w pracach Rady Naukowej Miejskiego Ogrodu Zoologicznego w Łodzi, a w latach 1998–2008 był jej wiceprzewodniczącym. Od 1980 do 2008 r. był członkiem Wojewódzkiej Komisji Ochrony Przyrody w Łodzi, a w latach 2008–2019 członkiem Regionalnej Rady Ochrony Przyrody przy Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Łodzi. Od 1997 do 2008 r. należał do Społecznej Rady Naukowej przy Zespole Nadpilicznych Parków Krajobrazowych. Decyzją Prezydenta Miasta Łodzi został powołany na przewodniczącego Społecznej Rady przy Schronisku dla Zwierząt w Łodzi (2003–2006). W latach 2000–2003 przewodniczył Zespołowi Eksperckiemu ds. edukacji ekologicznej przy Wojewódzkim Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Łodzi. Od 2003 do 2009 r. był członkiem Wojewódzkiej Komisji ds. Ocen Oddziaływań na Środowisko.
Za swoją działalność prof. Markowski był wielokrotnie odznaczany i wyróżniany, m.in. Złotym Krzyżem Zasługi, Złotą Odznaką Uniwersytetu Łódzkiego, Srebrną Odznaką Ligi Ochrony Przyrody, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Medalem Polskiego Towarzystwa Zoologicznego oraz Medalem Łódzkiego Towarzystwa Naukowego. Kilkakrotnie uzyskiwał nagrody Rektora UŁ za pracę naukowo-badawczą i dydaktyczno-wychowawczą.